DNK barkodiranje

DNK barkodiranje je taksonomska metoda kojom se koristi kratki genetički marker u DNK organizmima da ih identificira kao pripadnike određene vrste.^[1] Razlikuje se od molekularne filogenije po tome što glavni cilj nije da se utvrde obrasci srodnosti, već identifikuju nepoznati uzorci u smislu već postojeće klasifikacije. Iako se bar kodovi ponekad koriste prilikom pokušaja da se identifikuju nepoznate vrste ili u procjenama da li neku određenu vrstu treba kombinovati (sa nekom drugom) ili odvojiti.^[2] Primjena DNK kodiranja za ove potrebe je predmet rasprava.^[3]

Najčešće korištena barkod regija kod životinja je segment veličine oko 600 baznih parova u mitohondrijskom genu citohrom c oksidaze (citohrom c oksidaza I: COI).

Primjena ove metode uključuje, naprimjer, prepoznavanje biljnih ostataka čak i kada cvijet ili plod nisu dostupni, identifikaciju larvi insekata (koji često imaju manje poznatih dijagnostičkih karakteristika od odraslih)^[4], identifikaciju ishrane životinja, na osnovu sadržaja stomaka ili izmeta^[5] i obezbjeđuje veliku varijaciju između vrsta, a ipak relativno mali broj varijacija u okviru datih vrsta.^[6] Primjenjuje se i u identifikaciji komercijalnih proizvoda kao naprimjer, biljni dodaci, drvo ili koža i drugi dijelovi životinja.

1. ^ Paul DN Hebert; et al. (2003). "Biological identifications through DNA barcodes". Proceedings of the Royal Society B. 270: 313–321. doi:10.1098/rspb.2002.2218. PMC 1691236. PMID 12614582. Nepoznati parametar |name-list-format= zanemaren (prijedlog zamjene: |name-list-style=) (pomoć)
2. ^ Koch, H. (2010). "Combining morphology and DNA barcoding resolves the taxonomy of Western Malagasy Liotrigona Moure, 1961". African Invertebrates. 51 (2): 413–421. doi:10.5733/afin.051.0210. Arhivirano s originala (PDF), 12. 9. 2011. Pristupljeno 27. 4. 2016.
3. ^ Seberg O, Petersen G. (2009). Stout, Jane Catherine (ured.). "How Many Loci Does it Take to DNA Barcode a Crocus?". PLoS ONE. 4 (2): e4598. doi:10.1371/journal.pone.0004598. PMC 2643479. PMID 19240801.
4. ^ Kalamujić Stroil, Belma; Lasić, Lejla; Hanjalić, Jasna; Mačar, Sonja; Vesnić, Adi (25. 12. 2018). "The first DNA barcode record for Rhyacophila bosnica Schmid, 1970 and pairing of adult and larval life stages". Genetics & Applications. 2 (2): 20. doi:10.31383/ga.vol2iss2pp20-27. ISSN 2566-431X. Arhivirano s originala, 28. 3. 2019. Pristupljeno 10. 4. 2019.
5. ^ Kress WJ, Erickson DL (2008). "DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics". PNAS. 105 (8): 2761–2762. doi:10.1073/pnas.0800476105. PMC 2268532. PMID 18287050.
6. ^ Renaud Lahaye; et al. (26. 2. 2008). "DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots". Proc Natl Acad Sci USA. 105 (8): 2923–2928. doi:10.1073/pnas.0709936105. PMC 2268561. PMID 18258745.